booking.comを実際に利用された方の口コミ、評判を見つけましたのでご紹介します。
以下、口コミです。

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Q.booking.comで予約したものです。楽天カードに、まだ宿泊してないホテルの請求がありますが現地払いではないということでよろしいのでしょうか?基本的にこのサイトは現地払いらしいのですが、、


A.Booking.comはもう100泊以上使いました。トラブルはありません。
現地払いが多いですが、返金不可で予約したら即引き落としの条件もあります。
その場合「返金不可」とはっきり表示されています。

http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q11132052601
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booking.comは全て現地払いというわけではなく、
現地払いかどうかはホテルごとの予約条件によるので、
予約前によく読んで確認しておくことが大切ですね。

ちなみに私もよくBooking.comを使いますが、トラブルにあったことはありません。

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Booking.com